Bukan Kasus Pidana tapi Kasus Perdata.

Mendapat banyak tuduhan kasus besar membuat Misbakhun tidak pernah melupakannya. Pasalnya dalam kasus Misbakhun ini, ia mendapat tuduhan bahwa Misbakhun korupsi.

Tuduhan itu ia terima sewaktu Misbakhun masih berada di Partai Keadilan Sejahtera (PKS). Atas kasus Misbakhun ini, ia terseret masuk ke penjara dan kehilangan kedudukannya sebagai anggota DPR dari fraksi PKS dengan cara Pergantian Antar Waktu (PAW).

Menurut Bambang Soesatyo yang saat itu masih menjadi anggota Komisi III DPR, ia mengatakan bahwa jelas-jelas kasus Misbakhun ini menjadi bukti adanya kriminalisasi terhadap anggota DPR yang vocal dan kritis terhadap kasus-kasus yang terjadi di Indonesia.

Tuduhan akan Misbakhun korupsi, bahkan membuat dirinya harus ditangkap dan ditahan oleh Bareskrim Mabes Polri pada masa pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) karena dugaan melakukan tindak pidana pemalsuan dokumen yang membuat membuat kasus Misbakhun melejit. Dan dengan adanya tuduhan Misbakhun korupsi dia ditahan selama 2 tahun kurungan penjara.

Dengan mengajukan PK, terhadap tuduhan akan Misbakhun korupsi ini. Setelah di telusuri adapun bunyi putusan PK MA Misbakhun adalah menyatakan bahwa kasus Misbakhun ini bukan kasus pidana akan tetapi kasus Misbakhun adalah kasus perdata.

Yang akhirnya Misbakhun dibebaskan dan dibersihkan namanya, sampai dibalikkan semua martabatnya. Semenjak kasus Misbakhun selesai, Misbakhun kemudian hijrah ke Golongan Karya (Golkar), berpindahnya Misbakhun karena tempat duduk yang Ia tempati sudah di tempati orang lain.